Geboren wurde Fontana am 3. Juli 1937 in Neumarkt, wo er zunächst das Malerhandwerk erlernte. Im Alter von 21 Jahren schloss er sich dem Befreiungsausschuss Südtirol (BAS) an. 1961 war er an Sprengstoffanschlägen beteiligt, darunter an einem Rohbau eines Volkswohnhauses in Bozen sowie an der unbewohnten Villa von Ettore Tolomei oberhalb von Montan. Noch vor der Feuernacht wurde er verhaftet. 1964 wurde Fontana im Mailänder Sprengstoffprozess zu lebenslanger Haft verurteilt, insgesamt verbrachte er sieben Jahre und neun Monate in Haft.

Während seiner Zeit im Gefängnis legte er nachträglich die Reifeprüfung ab und studierte anschließend Germanistik, Geschichte und Philosophie in Innsbruck. Von 1977 bis 1999 veröffentlichte Fontana zahlreiche Arbeiten zur Geschichte Tirols und galt dadurch als angesehener Historiker. Von 1986 bis 1999 war er zudem Direktor des Südtiroler Kulturinstitutes (SKI).